前面已经分享了一篇文章介绍《使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性》，最近刚好在用DnaSP v5，在写一篇文章与大家分享一下利用DnaSP 计算Ka、Ks，即dN，dS。 第一步：打开主界面之...

1.GO怎么就出现了？ 现今的生物学家们浪费了太多的时间和精力在搜寻生物信息上。这种情况归结为生物学上定义混乱的原因：不光是精确的计算机难以搜寻到这些随时间和人为多重因 素而随机改变的定义，即使是完全...

通常，我们会遇到很多问题无法用分析的方法来求得精确解，例如由于式子特别，真的解不出来； 一般遇到这种情况，人们经常会采用一些方法去得到近似解（越逼近精确解越好，当然如果一个近似算法与精确解的接近程度能...

同源序列比对是生物信息学普遍采用的分析方法之一，其中，编码蛋白质DNA序列比对最为常见，在比较基因组学、分子进化学、系统发育等领域具有重要的基础作用。为获取相应的比对结果，通常采用的方法是先比对后回译...

高分辨率熔解（High-resolution melting，简称HRM）分析是一门新兴的技术。它仅仅通过PCR之后的熔解曲线分析，就能检测PCR片段的微小序列差异，从而应用在突变扫描、序列配对和基因...

在生物学特别是基因组学的研究工作中，经常会遇到多重假设检验（multiple testing）的问题；此时，得到的原始p值需要进行校正后才能使用，那么哪种校正方法更加适合自己的研究工作呢？p-valu...

懒人必看 Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --u...

Clustal包括Clustalx和Clustalw（前者是图形化界面版本后者是命令界面），是生物信息学常用的多序列比对工具。最近在网上看到一篇关于clustal使用的介绍，里面对clustalx和c...

唐碧霞 王彦青 陈旭 庞博 赵文明 (中国科学院北京基因组研究所，北京，100029) 摘 要 高通量测序技术的发展使得测序数据量大规模的增长，从而为研究人员的数据分析工作带来了 挑战。基因组可视化工...

DNAstar软件共有七个小程序（见下图），各自执行不同的功能，Editseq用于序列编辑，Seqman可以去除载体序列和拼接序列，MegAlign则主要执行序列比对的功能．  开启MegAlign软...