ELPH is a general-purpose Gibbs sampler for finding motifs in a set of DNA or protein sequences. The...

Tablet is a lightweight, high-performance graphical viewer for next generation sequence assemblies a...

New algorithms for short read assembly (categories B and D) often use de Bruijn graphs to store and ...

当拿到转录组数据或者基因组数据后，在做拼接以及其他一系列的分析之前，我们一般会做一个K-mer频率分布分析，下面是目前常用的几种计算K-mer的算法和软件。 A. Bloom Filter-based...

Illumina全基因组SNP芯片不仅可以call snp，还可以call CNV和LOH等结构性的变异。对于结构性变异的鉴定是通过BAF和logRratio来计算。CNV和LOH的区别在于CNV中l...

生物芯片与第二代测序技术是两种重要的高通量基因组学研究方法，在生命科学研究领域有着极其广泛的应用前景。经过近20年的发展，生物芯片技术逐渐成熟，正在向着 “高密度，灵活定制，微量样品” 的方向发展，从...

生物芯片与第二代测序技术是两种重要的高通量基因组学研究方法，在生命科学研究领域有着极其广泛的应用前景。经过近20年的发展，生物芯片技术逐渐成熟，正在向着 “高密度，灵活定制，微量样品” 的方向发展，从...

之前一直在用NCBI新的blast+，速度不错。但是blast的线程是内存空享的，即只能单节点运算。手头能使用的计算资源只能达到单节点16 threads。动辄上万条的对比实在是太慢了。遂萌生用mpi...

多序列比对在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal W（D...

最近由于在课题中发现氨基酸序列在pfam中又有了新的预测结果(SMART中没有,看来pfam数据更新更频繁),于是又需要进行一些序列的二级及三级结构简单预测,并进行相关的观察,由于很久没有搞这些东西了...