Bioinformatics

石蜡包满(FFPE)

包埋剂embedding agent   在制作切片或超薄切片时,由于组织是柔软的,或局部的软硬不均,这样制作厚薄均匀的切片是困难的。所以有必要用一定物质浸透组织内部,整个组织一样硬化,以利于切成薄片...
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SRA文件格式转换

最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式,不再支持*.fastq.gz,因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。 下载地址: http://www.ncbi.nlm...
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基因数据库下载

下面是Ensembl上的基因数据库下载,主要是哺乳动物,包括基因组序列,核酸序列,蛋白序列,及这些序列在EMBL和NCBI上的注释,还有提供的MYSQL数据库文件,并对物种名称做了一下简单的翻译,方便...
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三代测序数据pacbio数据处理

三代测序仪现在逐步投入正式使用之中,目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长,最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp,平...
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基因组注释介绍

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1:重复序列的识别。 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复...
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