包埋剂embedding agent 在制作切片或超薄切片时,由于组织是柔软的,或局部的软硬不均,这样制作厚薄均匀的切片是困难的。所以有必要用一定物质浸透组织内部,整个组织一样硬化,以利于切成薄片...
外显子组测序很给力,但并不完美 Exome sequencing is not perfect
相关链接: http://www.ebiotrade.com/newsf/read.asp?page=2012523101924488 在《科学美国人》的博客上,遗传学者Ricki Lewis谈道,尽...
SRA文件格式转换
最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式,不再支持*.fastq.gz,因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。 下载地址: http://www.ncbi.nlm...
基因数据库下载
下面是Ensembl上的基因数据库下载,主要是哺乳动物,包括基因组序列,核酸序列,蛋白序列,及这些序列在EMBL和NCBI上的注释,还有提供的MYSQL数据库文件,并对物种名称做了一下简单的翻译,方便...
三代测序数据pacbio数据处理
三代测序仪现在逐步投入正式使用之中,目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长,最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp,平...
几个多序列比对软件:Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较
ClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件, Muscle是速度最快的多序列比对之一,T-coffee是越来越受到欢迎的软件.它们各自有什么优点和缺点呢? ClustalW不仅可以用来做多...
基因组注释介绍
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1:重复序列的识别。 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复...
快速合并多个fastq.gz文件
案例描述: 需要将Sample_test1_R1.fastq.gz和Sample_test2_R2.fastq.gz合并为test.fastq.gz 操作方法1: 先zcat再gzip zcat Sa...
BLAST常见错误原因解析
常见问题 1.运行formatdb时报下列错误: [formatdb] ERROR: 1.seq.nhrOutput Blast-def-line-set.E.<title> Invali...
R语言基础入门之七:方差分析
一、单因子方差分析(one-way ANOVA) 1)建模: 我们采用multcomp包中的cholesterol数据集作为例子,其中response为响应变量,trt为预测变量,这个处理中有五种水平...