使用R计算相关系数的函数为： cor.test(X,Y,method="") method可以为"spearman","pearson" and "kendall",分别对应三种相关系数的计算和检验。...

在原核生物中，mRNA 只占全部 RNA 的 1-5%，其余绝大部分是 ribosomal RNA，因此若要测序 mRNA 首先必须先将 mRNA 纯化出来，然而，原核生物并不像真核生物 mRNA 具...

目前发展成熟而被应用在许多研究的第二代测序技术中，被测序的library 大多为DNA而非RNA(测序原理请参照本部落格先前文章)，在现有的mRNA-seq技术中，需先将RNA反转录为DNA，制备出D...

研究生物基因转录体的方法有许多种，而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式，科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息： 1. 了解整个转录体构造、sp...

芯片分析概述 随着基因芯片技术的普及，基因表达数据大量产生，如何充分利用这些数据并从中提取有用的生物学知识，是生物信息学所面临的一个迫切问题。简要来说，生物芯片数据分析流程大体可分成以下几个阶段。 扫...

BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp:...

一、 概述 Logistic回归主要用于因变量为分类变量（如疾病的缓解、不缓解，评比中的好、中、差等）的回归分析，自变量可以为分类变量，也可以为连续变量。他可以从多个自变量中选出对因变量有影响的自变量...

一、打开、关闭文件 语法为open (filevar, filename)，其中filevar为文件句柄，或者说是程序中用来代表某文件的代号，filename为文件名，其路径可为相对路径，亦可为绝对路...

这个软件（也有在线服务器，见其官网http://www.bioinformatics.org/cd-hit/）是中国人（Weizhong Li）写的，很好用，最大的特点就是快。基本思路是首先对所有序列...

有时,在推断进化树的过程中,我们希望phylip格式的文件能够将序列的名称完整得保留下来。通常情况下,我们的名称会超过10字符, 而ClustalX和MUSCLE等软件给出的phylip文件是严格的p...