目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法，但是该选哪一个呢？许多序列分析的专家认为，这取决于基因组的大小、读取有多长，以及采用的是哪种测序技术。通常，软件还需要优化，以满足每个实验室的独特需求。在此...

Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 li...

名称: samtools Sequence Alignment/Map (SAM)格式的应用程序 语法: samtools view ‐bt ref_list.txt ‐o aln.bam aln.s...

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址：http://samtools....

直系同源的基因通常具有相似的生物学功能，所以我们在进行一个未知序列的功能的鉴定的时候，其实质在找功能已知的同源基因。功能基因组的研究过程中，对于两个或者多个物种的同源基因进行鉴定，是功能基因鉴定、比较...

实体关系图 实体 名称 定义 Pathway specifies graph information stored in the KEGG pathway map 代谢通路图 path:ko00010...

Next generation sequencing (NGS) 常使用的工具列表 质量控制Quality Control：FastQC、Fastx-toolkit 拼接Aligner：BWA，Bow...

摘要： 很多公司都为新一代测序的文库制备推出了新产品，Clontech也是其中的一个。它利用其招牌的SMART技术，推出了一款试剂盒——SMARTer Ultra Low RNA Kit for Il...

荣耀归于上帝，版权归于bbsunchen。本文部分翻译自Bioinformatics.For.Dummies的第14章，加入作者经验，改动较大，不喜误入。 我从未给别人世界末日的感觉，我告诉他们真想，...

基因芯片(gene chip)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，可以用图11-5-1来说明。在一块基片表面固定了序...