随着蛋白质数量的增加，对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库，在nr库中，序列与序列的相似性是不均等的，当我们使用blast进行序列两两比对的时候，...

FASTX-Toolkit是一款用于处理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了丰富的FASTA/FASTQ文件格式转换、统计等命令。 下面是其功能介绍：  FASTQ-t...

Vienna RNA Package中包含了多个用于RNA二级结构预测和比对的程序，以下是官方文档中列出的比对工具：   RNAfold predict minimum energy sec...

通常进行多序列比对的时候都是多条蛋白序列或者多条核酸序列进行比对。而TranslatorX是利用蛋白比对的结果对核酸序列进行比对的工具。 TranslatorX分为两个版本，其一是在线服务器，另外提供...

这是一个很不错的Manuals网站，主要针对生物信息学的研究人员，里面包括R、Bioconductor、NGS、EMBOSS、Linux等软件和系统的使用教程。如： R Basics Manual B...

详细的安装及配置步骤请参见iprscan的文档Installing_InterProScan.txt 1.在安装iprscan之前，你的linux系统需要如下基本组件： PERL，这个常见的linux...

直接iprscan是不行的，需要加个-cli才能正常运行，不然出现一大堆HTML的代码，这里的cli 是command-line interface 简写。 usage: ./iprscan -cli...

对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种，第一...

SolexaQA 是一个基于unix开发的perl脚本程序，用于Solexa 测序的Reads质量评估以及低质量Reads过滤。 SolexaQA              从Fastq文件统计rea...

插入到载体上的片段在分析前需要先去除载体序列，而Seqman 提供了自动去除载体的功能，你只需选择你的载体类型即可，点击图中的下拉框即可看到软件自带的载体文件 选择好前后载体后，导入文件的Vector...