测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件,峰图文件为Abi格式,用chromas软件(网上可下载)打开. 四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度; 正常的峰图,波峰与波谷清晰...
利用BankIt向NCBI提交序列方法
向NCBI提交序列常用的程序有两个,一个是在线提交的BankIt,一个是用软件Sequin。用哪种办法,根据不同的需要。 BankIt:(在线提交页面:http://www.ncbi.nlm.nih....
利用grep和map计算两个集合交集、并集、补集
下面直接放一个例子来与大家分享一段利用 grep 和map 计算两个列表集合中的交集、并集、补集 [code lang="perl"] #!/usr/bin/perl use strict; ####...
Primer-BLAST:NCBI的引物设计和特异性检验工具
Primer-Blast介绍 Primer-BLAST,在线设计用于聚合酶链反应(PCR)的特异性寡核苷酸引物。Primer-BLAST可以直接从Blast主页(http://blast.ncbi.n...
KEGG数据库的使用方法与介绍
KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系;基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有...
bwa的使用方法
bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq,...
bwa和samtools的安装
BWA的安装 1.下载BWA [code lang="bash"]wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar...