Trimmomatic 介绍 Trimmomatic 发表的文章至今已被引用了 2810 次,是一个广受欢迎的 Illumina 平台数据过滤工具。其他平台的数据例如 Iron torrent ,PG...
单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍
高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多。因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的...
用Prism绘制“中断”柱状图
Prism也是一款比较经典好用的科研作图软件,在高分文章中经常出现它的身影,如下面的例子。它是一款从原始数据分析到图表生成“一站式”流程化的软件,例如它可通过Raw data 自动在图中生成误差线(e...
nVenn:绘制广义的准比例维恩图
今天介绍一种绘制韦恩图的新工具: nVenn:绘制广义的准比例维恩图 优势 nVenn可以通过输入包含标题,集合的数量、名称以及描述维恩图中每个区域的元素数目的文件,生成易于解释的n维维恩图的所有区域...
使用和解释P值的“六原则”
2014年2月,美国曼荷莲学院(Mount Holyoke College)数学与统计学教授George Cobb在美国统计学会(American Statistical Associa...
距离计算方法总结
在做分类时常常需要估算不同样本之间的相似性度量(Similarity Measurement),这时通常采用的方法就是计算样本间的“距离”(Distance)。采用什么样的方法计算距离是很讲究,甚至关...
Kmeans聚类K值如何选,以及数据重抽样方法Bootstrapping
本文出自Bin的专栏blog.csdn.net/xbinworld。 技术交流QQ群:433250724,欢迎对算法、技术感兴趣的同学加入。我的博客写一些自己用得到东西,并分享给大家,如果有问题欢迎留...
Hi-C技术到底能做什么?
Hi-C技术是高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture)。 利用高通量测序技术,结合生物信息学分析方法,研究全基因组范围...
Hi-C文库数据质控及解读
数据自身的质量在很大程度上决定了分析结果的准确和可靠,随着Hi-C技术在三维基因组学上的快速推广,对于Hi-C数据本身的质量和测序深度也逐渐引起研究人员的重视。同时对该技术的进一步优化和改进使之能够在...
扩增子分析QIIME2 简介和安装
声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读...