DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。 DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲...
ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析
一、基础知识 1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法 1. 探索染色质的开放性（chromatin accessibility） ATAC-seq: Assay of Transposase Acc...
根据比对的bam文件来对peaks区域可视化
之前分析了好几个公共项目，拿到的peaks都很诡异，搞得我一直怀疑是不是自己分析错了。终于，功夫不负有心人，我分析了一个数据，它的peaks非常完美！！！可以证明，我的分析流程以及peaks绘图代码并...
6种方式下载ENCODE计划的所有数据
DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)ENCODE计划的重要性我就不多说了，如果大家还不是很了解，可以直接跳到本文末尾去下载一下ENCODE教程...
用ChIP-Seq公共数据探索组蛋白表观遗传修饰参与目标基因的调控情况
在生信研究中，各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据，包括转录因子、染色质...
ChIP-seq基础入门
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RN...
使用REST API批量下载ENCODE数据
本篇主要内容 本篇主要介绍两种方法，搜索并批量下载ENCODE数据。 方法一：在页面中搜索并获取下载地址 进入ENCODE portal主页：https://www.encodeproject.org...
差异甲基化分析eDMR软件分析说明
软件链接地址：https://code.google.com/p/edmr/ 该软件是可以基于对methylkit 软件包进行 进一步处理的，在处理和找寻差异甲基化为点和区域，分析的要比 methyl...
ChIP-Seq分析小实战（三）
ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） 在ChIP-Seq分析小实战（一）中以将数据做好了准备，接着就是按照文章中所述将ChIP-seq数...
ChIP-Seq分析小实战（二）
ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） 在ChIP-Seq分析小实战（一）中以将数据做好了准备，接着就是按照文章中所述将ChIP-seq数...