简单介绍F-statistics 和 Fst 1. 概念 在群体遗传学中，F-statistics（Fixation indices）是衡量种群中基因型实际频率是否偏离遗传平衡（哈温平衡）理论比例的指...

Fst，用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两个种群间是随机交配的，基因型完全相似；为1则表示是完全隔离的，完全不相似。它往往从基因的多样性来估计，比如SNP或者microsatellite...

1. 群体遗传分化的度量 （1）F-统计量 现实植物自然群体并非是理想群体，如果仅考虑单基因座上一对等位基因，对于由若干个地方群体组成的生物大群体，各层次现实群体中基因型频率期望值偏差一般用Fis、F...

PAML软件中的codeml命令可以使用Maxmum Likelihood方法对密码子或氨基酸的多序列比对结果进行分析和进化参数计算 。这两种数据共用一个命令，程序运行时的参数绝大部分是公用的，但仍需...

群体遗传学中测的很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看那几个物种聚在一起，一般使用的软件就是STRUCTURE，但是STREUTURE运行速度极慢，后面frappe软件提升了...

前面给大家推荐过Evolview，推荐一款强大的进化树编辑软件，今天给大家详细介绍如何使用这个在线工具，教你如何绘制高颜值的进化树。 1.Evolview简介 Evolview可在线进行系统进化分析，...

游戏“天天爱消除”曾经风靡一时，想必大家一定都玩过。其实在重测序分析中也有一个分析“爱消除”，那就是选择消除分析。群体进化选择消除分析：简单的说就是基因组某区域由于受到了选择而消除多态性。选择消除分析...

1. PhyML 简介 使用　PhyML 构建最大似然树。 参考文献：New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phyloge...

【絮语】 在进行系统发育分析过程中，建树序列的进化模型选择是至关重要的一步，尤其对进化模型敏感的ML法和BI法，更是重中之重。对于一些新手而言，经常使用默认参数而忽略了这一关键步骤，从而导致建树结果的...

本来还没这么快写进化专题的，但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件，看看能否生成树，我就试用了一下phyml这个软件，挺简单的。 一、下载并安装该软件 这是一个很简单的软件，我们直接下载它的二进制程...