基本概念 WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基因。 适用于复杂的数据模式，推荐5组...

现在进行error-correciton的算法有三种： k-spectrum-based、Suffix tree/array based 和 MSA based。本文对以下软件使用真实数据进行了评估：...

1. 重复序列简介和相关软件 参考自文献：Review：Identifying repeats and transposable elements in sequenced genomes: how ...

前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq->VCF）的具体执行过程。那么，在这一篇文章里，我们就来好好谈谈后续非常重要的一个环节——也是本次实践分析...

以Pacbio和Nanopore 为代表的三代测序技术，目前最成功的应用领域就是基因组组装，由于其长读长的特点，非常适合处理对于二代测序技术较难测通的高重复区域和高GC含量区域。因此对于基因组组装研究...

DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列，它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合，比如转录因子，从而可以在短暂时间内锚定功能蛋白。通常，DNA功能域的长度...

这篇文章是我发现canu输出的contig可能存在misassembly(错误组装), 为了探索这种错误是如何产生的，我尝试解决如下问题 Canu输出contig的基本步骤 contig和GFA是什么...

Cre-LoxP重组酶系统在新型基因打靶中获得广泛应用，是条件性基因打靶、诱导性基因打靶、时空特异性基因打靶策略的技术核心。 Cre重组酶和LoxP序列 Cre重组酶：于1981年从P1噬菌体中发现，...

基因组DNA文库有十分广泛的用途，如用于分析、分离特定的基因片段，用以基因表达调控、人类及动植物基因组工程的研究。通常情况下，基因组文库构建的基本流程可以归为4大步骤：分离基因组DNA、对基因组DNA...

随着测序技术的不断发展，宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料，与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇，顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。 定义 宏基因组 ( ...