我们都知道,测序本身并不难,难就难在基因组的后续组装拼接,因为它涉及到大量需要考虑的问题,如重复、到位、覆盖率等等,于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题...
测序常见问题深度分析(四)引物降解(不纯)
在测序过程中,引物质量是影响测序结果的一个重要因素,由于载体测序通常使用的是载体上的通用引物,而且是由测序公司提供,因此一般不会出现问题。而 PCR产物测序使用的是个人自己设计并合成的引物,引物的质量...
测序常见问题深度解析(三)碱基缺失
碱基缺失其实是双模板的一种特殊形态,指某一样品在某一碱基后包含两类片段,其中一条片段比另一条片段少(或多)几bp或几十bp,因此在峰图上表现为从某处开始为两个峰的叠加,碱基缺失多发生在PCR测序中,并...
测序常见问题深度解析(二)Poly结构
PolyA/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰,PolyG/C 结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是导致测序失败最常见的原因之一,目前还没有非常有效的方法彻底解决Poly结构的影响,但一般而...
测序常见问题深度解析(一)双克隆
测序过程中最常见的问题是双峰,导致整个结果不可用,有时候我们也纳闷,明明挑的是单克隆,为什么还会碰到双峰呢?其实导致双峰的原因是多种的,双克隆只是其中的一原因,而且不同的起因在峰图上表现出不同的特征,...
DNAstar软件的使用(三)Seqman 拼接序列
启动Seqman,点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列 选中目标序列,点击Add--Done导入目标序列 如果导入的是峰图文件,可以双击文件名会弹出峰形图,通过移动黑色的分...
phred/phrap/consed的安装
获得软件: Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington....
新算法对单细胞基因组进行测序
美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用...
基于NGS的miRNA测序以及接头序列介绍
一般成熟的miRNA长度在22nt左右,在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测,但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展,即使没有全基因组序列我们也能...
宏基因组学中微生物种群结构分析
什么叫宏基因组学?先做一个概念的普及,下面是摘取自百度百科的几段介绍: 宏基因组学又叫微生物环境基因组学、元基因组学,Metagenomics 宏基因组学通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构...