在基因组学研究中，finish一个小的环形基因组，例如线粒体、叶绿体、质粒后，一般都会画一个全基因组的圈图，如下图： 最近我刚好在组装一个植物的细胞器，然后做了这个工作给大家推荐一个画圈图的工具OGD...

Regular readers are familiar with our explanation of de Bruijn graphs through the following steps - ...

A recent Genome Research paper describing an innovative approach for assembling large genomes from N...

1.Orthomcl是用来干嘛的？ 我们都知道，我们在注释完一些基因组后，会拿到大量的蛋白，而这些蛋白，孤零零的放在那，你不觉得别扭吗？除了常规的pfam、interpro做完了，再做点什么呢？聚个类...

Velvet是大家所熟知的一款基于二代数据进行基因组组装的软件了，PLoB中也有多篇相关的文章来介绍velvet的安装与使用了。MetaVelvet是否听说过呢。MetaVelvet是一款基于二代数据...

This is the last post in the de Bruijn graph series. Although we did not mention explicitly, each of...

Appropriate choice of the ‘exp_cov’ (expected coverage) parameter in Velvet is very important to get...

Today we shall examine de Bruijn graphs for two structures that occur frequently in genomes or trans...

测一个未知基因组（de nove sequence），要进行测序、拼接及注释。关于测序仪和拼接软件已经讲的很多了，很少有关于基因组注释的文章。一篇最近在Nature Review Genetics上的...

We started with 600 million 100mer reads from a genomic library and plotted its K-mer distribution. ...