DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记，胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要...

目标序列捕获测序，是将感兴趣的基因组区域定制成特异性探针与基因组DNA进行杂交（固相或液相），将目标基因组区域的DNA片段进行富集后再利用第二代测序技术进行测序。这种新的方法与PCR方法相比，通量高，...

基因组是如何组装的？ 答：一般来说，针对以Illumina Gemone Analyzer测序结果为主的组装策略如下： （1）先利用短序列组装软件对paired-end数据进行de novo拼接，组装...

目前3种测序技术 Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp，经常用于基...

比较基因组学是指在基因组图谱和序列分析的基础上，对已知基因和基因的结构进行比较，了解基因的功能，表达调控机制和物种进化过程的学科。一般包括以下几个方面的内容： （1） 和近缘物种进行成对基因组比对。可...

基因组注释包括以下方面的内容： （1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。 （2） 编码基因的预测。通过将转...

利用新一代测序技术进行SNP分析，一般包括如下几步： （1） 测序结果的预处理，去除低质量的数据； （2） 利用短序列比对软件进行全基因组比对，找出多态性位点； （3） 根据一定规则来筛选可靠的SNP...

N50： 举个例子，比如一个基因组大小是1M，测序得到若干条reads，这些reads进行拼接，如果完全可以拼接起来，中间没有gap的序列称为contig，即连续的意思。如果中间有gap,但是可以知道...

60年来，生物学家一直只了解两条规范“DNA语言”的类似语法的规则。现在他们又发现四条 奥地利生物化学家埃尔文·查戈夫（Erwin Chargaff）因于1950年发现了两条“DNA语言”语法规则而著...

安装BreakDancer总共需要完成以下三个软件的安装工作 Perl Samtool BreakDancer Software 安装perl语言 （一般linux系统已经自带了）以及相关的packa...