mgene 是一款基于机器学习的方法，从真核基因组序列中预测但白白编码基因的软件。   同时mgene.web是一款web服务程序。           mGene is a computationa...

从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blas...

本文主要介绍 phred\phrap－基因组的序列装配软件包。Phred 是 phred\phrap 软件包 的一部分，主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。phred\phrap 软件包由华盛顿大...

CGView是一种画图工具，生成展示序列特性、基本组成片段、分析相似片段的圆形基因图解图，需要提供的序列为raw、FASTA、GenBank和EMBL格式， 另增加特性或者分析信息请在提交的GFF文件...

CAMBer（Comparative Analysis of Multiple Bacterial Strains）是一款比较分析多个细菌基因组的软件，同时CAMBerVis这款软件可以同时对多个细菌...

iAssembler利用MIRA以及CAP3软件，将454以及sanger测序产生的转录组数据(EST)拼接成基因组。 官方介绍： iAssembler is a standalone package...

CAT是一个分析核酸中密码子使用偏性（codon usage bias）、密码子偏差系数（Codon Deviation Coefficient）等特征的分析工具。 CAT (Composition ...

在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...

基因组的某位置，会发生突变，或者说对于多个物种的个体进行测序的话，会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基，而应该用频率表示，ACTG出现的频率，如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性，我们就将这个位置称...

最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章，该文章列举了目前主流的基因组拼接软件（Genome Assembly），以及相关的算法、使用的数据平台，等等。 下面是软件使用平台和算法...