准备工作 下载velvet (1.105版本) wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.05.tgz ./ 解压： tar zxvf ...

新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的...

一、软件介绍 Glimmer是一款寻找原核生物基因的预测软件，从1.0版本到现在的3.0版本，预测的准确度和速度都已经提高了很多，并且是一个免费开源的软件必须在Linux或者Mac OSX系统上才能使...

Phrap ("phragment assembly program", or "phil's revised assembly program"), Phrap是由华盛顿大学分子生物技术学院的Phi...

1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说，对不同的数据，用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer，然后看结果的N50，找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo...

用454测序得到的序列用newbler拼接的效果最好，而用短序列拼接软件velvet拼接效果很差，所以不能将454的原始reads和Illumina产生的reads合到一起后用velvet进行拼接。在...

 By Seth Axen (11/18/08) Explanation: A pseudogene is a genetic sequence which is nonfunctional. Wha...

GBrowse之频率直方图，有称为频率分布图，Generating Feature Frequency Histograms，用以展示这些统计信息，可以表意以下信息： 不同区段内基因组Gene或者SN...

Gbrowse图谱可以分为三部分，overview，region，details，每一部分都可以显示0到多个的映描（track），对于trace的定义，可以分为以下几部分：  track显示的内容，显...

关于向NCBI提交序列，前面已经有一篇文章介绍《利用BankIt向NCBI提交序列方法》，现在给大家介绍利用Sequin向NCBI提交序列。 关于Sequin可以从这里下载：http://www.nc...