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前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得到直观的体会。许多读者也纷...

如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。但是1999...

RAD-seq和GBS是什么关系 简化基因组的测序方法 RAD-Seq(restriction site-associated DNA sequencing)最开始指的是2008年发表在PLOS ON...

一、生存分析(survival analysis)的定义 生存分析：对一个或多个非负随机变量进行统计推断，研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科。 生存分析：既考虑结果又考虑生存时间的一种统...

准备参考序列 注意:这一步必须在后续步骤之前运行。 通常，我们需要准备一个物种的基因组fasta文件，当然RNA和protein都是没有问题。通过prepare-refseqs.pl格式化生成的tra...

JBrowse要展示数据达到一定量级之后，如何方便管理这些track就成了一个问题，JBrowse支持三种track选择器： JBrowse/View/TrackList/Simple：已经作古的选择...

这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培训时，听说PacBio会在今年对Falcon进行一些改变...

pacbio目前有两种主流的测序平台，RSII和Sequel，后者是前者的升级版。 pacbio sequel下机是bam格式的reads文件，它和reads比对到参考基因组上生成的bam文件，内容有...

SOAPdenovo特点 宏基因组denovo组装软件中SOAPdenovo（http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo）的使用较为广泛，其具有组装速度快，N50值较...