图层设置是ggplot2做图的关键。通过查看ggplot图形对象的数据结构我们了解到一个图层至少包含几何类型、统计类型和位置调整三方面的东西，当然数据和映射得首先建立。如果把ggplot2当成是太极，...

“facet”一词这里翻译为“分面”，不知道是否准确，可以斟酌。虽然我们前面说过ggplot2分面最终的效果是一页多图，但跟通常所说的在“一个页面中绘制多个图形”还是有区别的。ggplot2仅仅体现的...

作图前的数据准备工作不仅仅指原始数据的收集，还包括数据外观的整理，这些工作对后续的作图无疑十分重要。和其他作图方法相比，ggplot2的优点之一就是把数据整理融合到了作图过程中，替用户分担了数据整型的...

前面我们使用qplot函数对ggplot2做图的方法进行了初步的了解，并比较了qplot和plot函数的用法。从最终得到的结果（图形）来看，除了外观不同外好像qplot函数和plot函数并没有什么本质...

1 Rle（Run Length Encoding，行程编码） 1.1 Rle类和Rle对象 序列或基因最终要定位到染色体上。序列往往数量非常巨大，但染色体数量很少，如果每条序列的染色体定位都显式标注...

一、BSgenome和BSgenome数据包 Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。不同物种的BSgeno...

Biostrings最后一节，介绍模式匹配和序列比对的相关函数和操作。 下面我们使用拟南芥基因转录起始点上游1kb的序列进行分析。序列文件可以从TAIR网站（http://www.arabidopsi...

还是先获取随机DNA序列和其他序列对象： library(Biostrings) rndSeq <- function(dict, n) { paste(sample(dict, n, repl...

序列说到底就是文本/字符串类型的数据，你完全可以用纯纯的R base函数来处理，只是太麻烦，而且效率很低。BioC的IRanges包从数据结构和运算规则等角度对生物序列做了很细致的定义，是使用R高效处...

一、描述统计量 R为描述统计量的计算提供了较全函数。我们用R自带的sunspots数据对这些函数做简单了解： > sp <- sunspots > class(sp) [1] "ts...