在R中处理坐标轴的函数为axis(),我现在关心的是如何改变坐标轴的刻度位置,以及刻度标记。axis()中的参数at和labels可以解决这个问题。at表示坐标轴刻度的位置,可以自己指定,比如at=c...
偏相关系数
在多元相关分析中,简单相关系数可能不能够真实的反映出变量X和Y之间的相关性,因为变量之间的关系很复杂,它们可能受到不止一个变量的影响。这个时候偏相关系数是一个更好的选择。 偏相关系数是在排除了其他变量...
在R中如何求给定分布和统计量的p-value
在知道了分布函数和相应的统计量后怎样得到p-value呢?用R可以很容易的实现,如下(来自<统计建模和R软件>) P_value <- function(cdf,x,paramet,...
Mothur处理454测序流程和命令
454测序返回的结果是sff格式的文件 #sffinfo(sff=test.sff,flow=T) #trim and bin sequences in flowgram #trim.flows(fl...
使用Biopython翻译核酸为蛋白序列
在plob论坛学习到不少知识,其中看到很多关于bioperl的文章,但是没有见到人们用biopython的。 所以在此分享一个简单代码,用来翻译核酸为蛋白序列。 注:需要Biopython库支持。 以...
Linux中权限(r、w、x)对于目录与文件的意义
一、权限对于目录的意义 1、首先要明白的是目录主要的内容是记录文件名列表和子目录列表,而不是实际存放数据的地方。 2、r权限:拥有此权限表示可以读取目录结构列表,也就是说可以查看目录下的文件名和子目录...
用正则表达式匹配浮点数
在这个例子中,我将向你展示如何避免不熟悉正则表达式的人常犯的一些错误。我们将尝试建立一个可以匹配浮点数的正则表达式。我们的正则表达式也应该匹配整数,以及整数部分(即0)没有给出来的浮点数。 乍看之下,...
用python的matplotlib包绘制热度图
python里的matplotlib是一个很强大的绘图软件包。可以绘制类似matlab和R软件效果的图样。这几天尝试着从原始数据得到一个热度图。就用了这个软件包。效果还好。虽然软件很庞大很复杂,但是遇...
利用GCAT做主成分分析(PCA)
做pca大体思路: snp raw data——转成plink二进制格式——然后用gcta生成matrix——然后用R作图 1、转二进制文件,先说把raw data转成plink的bfile二进制格式...
R画韦恩图
与大家分享一段利用R绘制维恩图的代码 [code lang="R"] library(plotrix) plot(0:10,seq(0,10,length=11),type='n',axes=F,xl...