在Biojava中，序列中的位置是用一个实现了位置(Location)接口的简单对象代表的。 一个点位置是序列或者标志链(SymbolList)中单个标志(Symbol)的位置.点位置有公共的构造器可...

在Biojava中，特征（Feature）有点象具有位置（Location）属性的注释（Annotation）。各种类型的特征必须都实现特征接口。所有的特征实现都包含一个叫做模版（Template）的...

有时候你可能希望改变序列或标志链的标志次序.例如你可能希望能删除或者插入或者重写DNA序列中的碱基. Biojava标志链有一个edit(Edit e)方法,能够以Edit对象为参数编辑标志链.Edi...

大多数Biojava序列对象是不可改变的。这样的安全特性能避免对数据完整性的破坏。这样，在序列对象中就没有setName()这样的方法。有一种办法是用原始序列作为参数创建原始序列对象的视图。 通过使用...

在Biojava中，DNA和RNA序列以及标志链(SymbolList)使用不同的字母表。你可以使用RNATools的静态方法transcribe()将DNA转录成RNA。 [code lang="j...

给定一条序列，我们也许只关心前10个碱基或者我们想得到序列中的一段。你也许想打印一条子序列至输出流，例如STDOUT。如何做到这些？ Biojava使用生物学坐标系统识别碱基。第一个碱基索引为1，最后...

很多时候我们将序列用一个由字符组成的字串表示，如 "atgccgtggcatcgaggcatatagc". 这是表示复杂生物序列的一种非常方便简洁的方法。Biojava使用SymbolLists和Se...

杂交产物成分表用来将一组标记包装成单个标记。这有利于处理象密码子这样的标记。然而，有时候我们希望将这些标记转变回它们的组成标记，下面的例子说明了如何完成这个任务。 杂交产物成分表中的标记实现了原子标记...

杂交产物成分表(cross product alphabet)由多个其他成分表生成。目的是将两个或者多个标记包装成单个的“杂交产物”标记。例如，使用三个DNA成分表杂交可以将密码子（三联密码子）包装成...

Fasta格式是一种相当标准的符合生物信息学的输出，很容易读取。Biojava中有一个SeqIOTools的类提供很多方便的静态方法，能够完成很多通用的符合生物信息学的输入输出任务。下面的例子展示如何...