为了确保单细胞转录组分析工具的可用性，许多开发人员已经做出了相当大的努力。到2021年5月28日，已经开发并提供了近1000种不同的生物信息学工具。 01 数据预处理 单细胞转录组原始测序数据的基本格...

一、什么是单细胞测序？ 如果简单地说，单细胞测序就是获取单个细胞遗传信息的测序技术，似乎没有多大的帮助。为了理解这个问题，咱们不妨先来了解一下测序技术到底可以做些什么。 目前，测序可以回答以下6类问题...

目前，随着单细胞RNA测序技术（scRNA）的成熟，新的测序方案不断出现。那么，各种技术平台的性能如何呢？优缺点有哪些呢？如何根据我们的研究目的选择合理的单细胞RNA测序技术呢？ 本文系统的比较了6种...

小伙伴们，大家好，今天我们来开启一个新的话题，Single cell sequence，近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度，通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我...

scRNA的上游处理CellRanger，CellRanger就是基于10X genomics，从fastq生成表达矩阵的工具，然后有了表达矩阵，就可以下游利用Seurat等R包分析 CellRang...

单细胞测序是目前研究的热点，那么我重新回来探究一下，首先问自己几个问题： 都是转录组测序，有什么不一样？ 看到转录组我们都不陌生，有参无参也都做了许多了，但是对一个细胞测序，为什么呢？10X给出了一个...

Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst....

Cellranger的结果力求与常规分析的结果格式相同，比如它生成的 barcoded BAM files 也可以放到IGV中查看比对质量 count结果一般放在out目录下，主要有summary和a...

总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sit...

首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...