基因通路富集分析 (gene set pathway enrichment analysis) 是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。一般是高通量实验，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白质组学...
矫正批次效应
批次效应(batch effect)简单说来就是因为实验做了几个批次导致的实验误差，比如芯片数据，每次都要用机器读取，那么光照时间和强度每次都可能不一样， 极有可能出现批次效应。 再比如，实验的三个重...
RNA-seq的标准化方法
对于RNA-seq而言，由于 技术误差， 测序深度不同， 基因长度不同，为了能够比较不同的样本，比较不同的基因的表达量，以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设，就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...
基因富集通路图展示神器-Mapman的使用
大家还在为通路图中无法展示具体基因而发愁吗？还在为基因富集通路图展示出来不够美观而苦恼吗？今天小编给大家带来一款植物基因功能分析神器——Mapman，可帮您解决此问题，闲话不多说了，大家先找个安静的地...
RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)
Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...
详细讲解NA-Seq基因表达水平衡量方法：RPKM, FPKM and TPM
小编注：近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。之前PLoB上分享了一篇关于这方面...
GSEA法基因功能富集分析原理详解
GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析，然后基于基因表达数据与表型的关联度（也可以理解为表达量的变化）的...
GEPIA2使用教程
今天跟大家分享的是一个在线TCGA基因表达和生存分析的工具（GEPIA2），2019年发表在NAR上，目前已更新到2.0版本，访问网址是http://gepia2.cancer-pku.cn/#ind...
关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)
首先来了解一下三个概念： 1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不...
GSEA富集分析 – 界面操作
GSEA定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。其输入数据包...