Illumina 测序原理 在进入本期的正题之前，我们需要了解一下 Illumina 的测序原理，在这里用一张图简单的展示一下： 图1 Illumina 测序原理 (图片来自https://www.i...
GSEA分析支持的数据格式
1 表达式数据格式 1.1 GCT：基因簇文本文件格式（* .gct） 1.2 RES：ExpRESsion（带P和A调用）文件格式（* .res） 1.3 PCL：斯坦福cDNA文件格式（* .pc...
WGCNA的各种安装方法
相关网络在生物信息学应用中得到越来越多的应用。例如，加权基因共表达网络分析是一种用于描述芯片基因间表达相关模式系统生物学方法。加权相关网络分析(WGCNA)可用于寻找高度相关基因的聚类(模块)。 相关...
基因表达分析（下）
本系列教程包括： 基因表达分析（上） 基因表达分析（中） 基因表达分析（下） 回顾 首先对基因表达分析（中）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarra...
基因表达分析（上）
本系列教程包括： 基因表达分析（上） 基因表达分析（中） 基因表达分析（下） 还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的c...
基因表达分析（中）
本系列教程包括： 基因表达分析（上） 基因表达分析（中） 基因表达分析（下） 基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： Gene expression is the pro...
学习WGCNA总结
在转录组数据处理过程中我们经常会用到差异表达分析这一概念，通过比较不同处理或不同组织间基因表达量(FPKM)差异来寻找特异基因，但这前提是你的不同处理或不同组织样本较少，当不同处理或组织有较多样本，如...
转录组的组装Stingtie和Cufflinks
首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装，当然也可用于转录本的定量。前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用...
Alignment-based的转录本定量-RSEM
我最早接触转录本的定量则是Alignment-based transcript quantification，也就是先比对后定量。我最先是在无参转录组中用了RSEM，因为无参转录组需要对reads进行...
RNA-Seq基因表达水平衡量方法
小编注：近年来RNA-Seq被广泛应用，衡量基因表达水平的方法也开始多样化，例如RPK, RPKM, FPKM, TPM等。那他们之间有什么样的区别、以及怎样换算呢。最近看到一篇不错的博客，这里与大家...