StringTie是一个新的转录组标表达定量软件，下面是组装算法示意图 摘要 转录组项目测序往往会产生2亿多得read。我们引入了StringTie软件，他利用了最优化算法(生信科班出身的应该必修课)...

引文 每当我使用一个新的软件/算法时（相较于组内之前的研究），导师总喜欢问我背后的原理。她可以不懂，但我必须给她讲明白。 想给一个实验背景的人，讲明白一个算法的内在逻辑，属实不易。光是一颗聚类树，我就...

HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 官网： http...

一：下载安装该软件 wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download tar zxvf RSeQC....

一：下载安装该R包 clusterProfiler是业界很出名的YGC写的R包，非常通俗易懂，也很好用，可以直接根据cuffdiff等找差异的软件找出的差异基因entrez ID号直接做好富集的所有内...

一，所谓的网站，其实就是一个网页版的可视化软件接口而已 看看网站主页，看看它需要什么数据 http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl 二，所需要...

一：下载安装该软件 下载安装该软件：  wget https://codeload.github.com/TransDecoder/TransDecoder/tar.gz/2.0.1 解压进入该目录，...

edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度，改进了推断的可靠性。...

下载完原始数据，比对以及构建DESeqDataSet对象等一系列使用前准备完成后，我们便可以使用DESeq2进行后续的差异表达分析了。由于DESeq2的原理和内部的处理方法非常复杂，因此本文暂时不涉及...

利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...