一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...

翻译自：From RNA-seq reads to differential expression, Oshlack et al. Genome Biology 2010, 11:220 高通量测序技...

一、 Trinity简介 Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成： Inchworm,Chrysalis和Butte...

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。 这两个都属于R包，其相同点在于都是对count da...

通常来说，某一个物种体内所有细胞里含有的DNA都应该是一模一样的，只是因为每一种细胞里所表达的RNA之间存在差异，才使这些细胞有所区别。诸如“为什么肿瘤细胞与正常细胞会不一样？”这样的重要问题都可以通...

FPKM, 是expected number of fragments per kilobase of transcript sequence per millions base pairs sequ...

实验原理： 信息分析方法 trinity有该分析比对流程，下面博主就不用多说了吧，分析方法基本一致，只不过拆开了再玩的节奏~~~不过比对的时候有个问题链方向性的问题，解决方案如下： 原文来自：http...

用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代，但毕竟经历了十多年的发展了，在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了！实在是...

最近在处理一批RNA-seq的数据，里面混入了spike-in。利用spike-in矫正之后，样本A的基因表达量普遍比样本B的基因表达量高3-5倍，这和我所熟知的背景知识是一致的。 但是当我使用DES...

Duplicate是个老大难问题，但处理与否要看具体情况，比如做DNA样本的时候，一定会处理，而RNA样本选择不处理。接下来有一些解决方法，但是“但是”也会很多，接受现实吧~~~ 首先Duplicat...