monocle3简介 monocel3的优势 从UMAP图识别发育轨迹，可以继承Seurat的质控、批次校正和降维分析结果，实现“一张图”展现细胞的聚类、鉴定和轨迹分析结果。 自动对UMAP图分区（p...

fastMNN简介 MNN是Haghverdi等人提出的一种批次校正算法，由R语言的batchelor包实现。算法原理及性能评测的细节可参阅2018发表在Nature Biotechnology上的论...

Harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。Harmony导入PCA的降维数据后，会采用soft k-means clustering算...

在多细胞生物组织内，细胞往往通过介质将发送的信息传递给其他细胞。信息一旦发出，其他细胞会做出三种反应：响应、无响应和接收不到。这种模式非常类似于我们用电话跟其他人打电话时的场景，当我们拨打电话之后，对...

原文链接： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6072887 摘要 单细胞RNA测序技术的发展加深了我们对于细胞作为功能单元的理解，不仅能基于成...

前言 实际的科研项目中不可能只有一个样本，多样本的单细胞数据如何合并在一起，是否需要校正批次效应呢？先上一张图说明多样本scRNA数据的批次效应： 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去...

生物学家和遗传学家长期以来想要在单个细胞水平上分析基因表达谱，但是技术限制一直使得它不能成为现实。 根据2012年7月22日在线发表在Nature Biotechnology期刊上的一项研究，研究人员...