单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。使用轨迹推断（TI，trajectory inference）的方法可以根据测序的细胞之间表达模式...

Bioconductor提供了完成单细胞转录组分析所需的大量软件包，本综述向我们展示了如何利用Bioconductor实现整个分析流程 Introduction Bioconductor 是一个基于 ...

单细胞转录组学数据能够用于推断轨迹，从而对细胞动态变化过程进行无偏倚研究。本文中，作者对45种轨迹预测方法进行了评估，并为研究者选择合适的软件方法提出了实质性的指导意见。 Introduction 单...

一般我们拿到 10x 空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是 web_summary 网页报告，因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好，不好的问题在哪里，数据到底能不能用等等。这里来详细介绍...

背景 scRNA-seq 数据的计算分析包括质控，比对，定量，标准化，聚类，轨迹分析以及差异表达基因的鉴定等，其中聚类是给予转录组数据定义细胞类型的一个核心步骤，也是 scRNA-seq 最广泛的应用...

在数据分析的时候，我们的目标是找到样本之间真实的生物学差异。但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响，举几个场景 不同样本 同一样本的生物学重复 同一样本的技术重复 同一样本在同一个实验室由同一...

介绍完liger的数学原理，我们便可以来跑一跑liger的流程，并对liger的数学原理和参数选择有更深刻的理解。我们可以在GitHub上找到liger的码源以及相关的教程，本文也主要翻译自GitHu...

chromVAR是一个用于分析稀疏染色质开放的R包。chromVAR的输入文件包括，ATAC-seq处理后的fragments文件（过滤重复和低质量数据）, DNAse-seq实验结果，以及基因组注释...

2013年，单细胞测序技术开始成为科研界主流关注的焦点。 前言 2013年，单细胞测序技术（single-cell sequencing）荣膺《自然-方法》年度技术。单细胞测序技术有助于我们剖析细胞的...

美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes，能够被用...