在基因组de novo组装后，为了进一步提高组装连续性经常对初步组装结果进行scaffolding。这时候可以直接利用手头已有的二代PE/MP/BAC文库测序（SSPACE）、三代单分子测序（SSPA...

1. GCE 简介 GCE(Genome Characteristics Estimation) 是华大基因用于基因组评估的软件，其参考文献为：Estimation of genomic charac...

首先是NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/...

岗 位：生物信息分析工程师 工作地点：深圳 岗位职责： 1．基于高通量测序技术的人类基因组数据的信息学分析，包括全基因组、外显子、转录组、目标区域和临床基因组诊断等技术产品或项目的分析工作以及整合系统...

SSPACE 能利用 paired reads 的比对结果，将 contigs 或 scaffolds 连接成 scaffolds。其参考文献：Boetzer M, Henkel C V, Janse...

1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea...

1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2....

1. MaSuRCA 简介 MaSuRCA(Maryland Super Read Cabog Assembler)基因组组装软件集合了 de Bruijn 和 Overlap-Layout-Cons...

首先，在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下，以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。 1.基因组：每个人都有一个基因组，这里的“基因组”并不只是“基因”的集合，基因是控制性状的遗传单元（什么是...

基因组数据库相当于一个物种的官网，关心该物种的科学家可以通过访问网站了解物种信息、科研进展、做blast等简单分析、下载基因组数据，基因组数据库最核心的模块是基因组浏览器，可以可视化查看基因结构、变异...