1. PASHA 简介 并行化运算，速度快的基因组组装软件。 2. PASHA 的下载和安装 $ wget http://cznic.dl.sourceforge.net/project/pasha/...

1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea...

1. MaSuRCA 简介 MaSuRCA(Maryland Super Read Cabog Assembler)基因组组装软件集合了 de Bruijn 和 Overlap-Layout-Cons...

以Pacbio和Nanopore 为代表的三代测序技术，目前最成功的应用领域就是基因组组装，由于其长读长的特点，非常适合处理对于二代测序技术较难测通的高重复区域和高GC含量区域。因此对于基因组组装研究...

这篇文章是我发现canu输出的contig可能存在misassembly(错误组装), 为了探索这种错误是如何产生的，我尝试解决如下问题 Canu输出contig的基本步骤 contig和GFA是什么...

我们都知道，测序本身并不难，难就难在基因组的后续组装拼接，因为它涉及到大量需要考虑的问题，如重复、到位、覆盖率等等，于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题...

PacBio®长读序为基因组完成带来了新变革。资深基因组装配专家开发的错误校正软件使科学家能在其短读取数据中添加长读序数据，最终将那些未完成的基因组补全。 在过去的十年，基因组装配让一些科学家渴望转向...

We are really amateurs, when it comes to Pacific Bio sequences. How amateur are we? A few weeks back...

Velvet是大家所熟知的一款基于二代数据进行基因组组装的软件了，PLoB中也有多篇相关的文章来介绍velvet的安装与使用了。MetaVelvet是否听说过呢。MetaVelvet是一款基于二代数据...

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变...