This commentary is a continuation of previous one. We are adding some additional information in case...

Our earlier commentary on SOAPdenovo2 provided a quick overview of an assembly. In the next few comm...

Opening the zip file: The zip file ‘SOAPdenovo2.zip’ expanded into two programs - i) pregraph_sparse...

第十三届全国植物基因组大会第一轮通知 为充分展示植物基因组研究领域的重大进展，推动我国植物基因组学研究的深入和农业生物技术产业的快速发展，定于2012年8月19－22日（19日报到）在山东省泰安市召开...

一般在基因组组装中，我们常用的拼接方法是，对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中（核...

在基因组学研究中，finish一个小的环形基因组，例如线粒体、叶绿体、质粒后，一般都会画一个全基因组的圈图，如下图： 最近我刚好在组装一个植物的细胞器，然后做了这个工作给大家推荐一个画圈图的工具OGD...

摘要 在复杂的生物体中，基因的表达水平是通过转录因子和其它调控蛋白综合作用调控的结果，有些调控蛋白甚至能够决定细胞的命运，近来大量的研究也证实了这一观点。但也有研究表明基因组存在着广泛的转录事件，产生...

测一个未知基因组（de nove sequence），要进行测序、拼接及注释。关于测序仪和拼接软件已经讲的很多了，很少有关于基因组注释的文章。一篇最近在Nature Review Genetics上的...

从由细菌、古细菌和病毒组装的错综复杂宏基因组DNA序列中，研究人员获得一种神秘的广古菌的整个基因组序列。 宏基因组学(metagenomics，译者注：也常译作环境基因组学)就是取样---一勺泥土或一...

基因组是如何组装的？ 答：一般来说，针对以Illumina Gemone Analyzer测序结果为主的组装策略如下： （1）先利用短序列组装软件对paired-end数据进行de novo拼接，组装...