本文来自百迈客基因微信公众号（BMK_product） 随着测序成本的不断降低，转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段。但对于转录组分析当中的一些概念，很多人还不是很清楚。今天，小编就来谈谈在转...

这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析...

转录组分析差异表达基因时，结果中会出现Log2FC和FDR值，这两个是什么意思呢？ log2FC中的FC即 fold change，表示两样品（组）间表达量的比值，对其取以2为底的对数之后即为log2...

利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...

本来搞差异分析的工具和包就一大堆了，而且limma那个包已经非常完善了，我是不准备再讲这个的，正好有个同学问了一下这个包，我就随手测试了一下，顺便看看它跟limma有什么差异没有！手痒了就记录了测试流...

差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。 DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类...

用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代，但毕竟经历了十多年的发展了，在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了！实在是...

今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章，关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表，说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、t...

一、 转录组测序概述 转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA（转录本）的集合，包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA， 非编码RNA又包括：tRNA，rRNA，snoRNA...

在利用RNA-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候，一般选取两个标准： i）FoldChange FoldChange，很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。...