Clustal包括Clustalx和Clustalw(前者是图形化界面版本后者是命令界面),是生物信息学常用的多序列比对工具。最近在网上看到一篇关于clustal使用的介绍,里面对clustalx和c...
DNAstar软件的使用(一)Megalign序列比对
DNAstar软件共有七个小程序(见下图),各自执行不同的功能,Editseq用于序列编辑,Seqman可以去除载体序列和拼接序列,MegAlign则主要执行序列比对的功能. 开启MegAlign软...
Clustal难道不能批量运行?
相信Clustal程序是大家耳熟能详的序列比对软件了。其中ClustalX是windows下图形化界面的版本,ClustalW是基于命令行的版本,后者是做生物信息中一般用的比较多,今天的主角就是Clu...
将序列比对的结果保存为漂亮的图片
多序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal W(D...
去除冗余序列的超快超好用工具cd-hit
这个软件(也有在线服务器,见其官网http://www.bioinformatics.org/cd-hit/)是中国人(Weizhong Li)写的,很好用,最大的特点就是快。基本思路是首先对所有序列...
HHblits:让序列比对更快更准更灵敏
来自德国慕尼黑大学的研究人员发表了题为“HHblits: lightning-fast iterative protein sequence searching by HMM-HMM alignmen...
序列的相似性
序列的相似性可以是定量的数值,也可以是定性的描述。相似度是一个数值,反映两条序列的相似程度。关于两条序列之间的关系,有许多名词,如相同、相似、同源、同功、直向同源、共生同源等。在进行序列比较时经常使用...
BioInfoServ:一款基于web的生物信息平台系统
BioInfoServ是一个基于Xubuntu Linux构建和开发,以生命科学研究及生物信息分析为应用目的的生物信息平台系统。BioInfoServ具有良好的生物信息运行环境及用户分析界面,包含上百...