1. FGAP简介 FGAP利用BLAST将contigs序列比对到基因组草图序列上，寻找重叠到gap区间的最优序列，从而进行补洞。其参考文献：Piro, Vitor C., et al. “FGAP...
贝纳基因第二期免费生物信息培训开始报名啦
贝纳基因第二期生物信息培训开始报名啦！欢迎生物圈的朋友们来捧场！ 1、本次培训不收取任何费用； 2、本次培训面向全国的生命科学研究领域的老师、研究生； 3、所有讲师都有三年以上生物信息从业经验，在na...
使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合
1. CISA 简介 CISA (Contig Integrator for Sequence Assembly). 主要用于细菌基因组（小基因组）的整合。该软件使用简单，算法较好。 CISA 软件官...
使用Platanus进行基因组组装
1. platanus 的安装 $ mkdir /opt/biosoft/platanus $ wget http://platanus.bio.titech.ac.jp/Platanus_relea...
使用ABySS进行基因组组装
1. ABySS的安装 安装google-sparsehash $ sudo rpm -ivh http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash-2....
宏基因组测序与分析方法以及问题集锦
随着测序技术的不断发展，宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料，与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇，顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。 定义 宏基因组 ( ...
DNAstar软件的使用（三）Seqman 拼接序列
启动Seqman，点击面板中的Add sequence 按钮添加将要拼接的序列 选中目标序列，点击Add--Done导入目标序列 如果导入的是峰图文件，可以双击文件名会弹出峰形图，通过移动黑色的分...
phred/phrap/consed的安装
获得软件： Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington....
Testing SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff)
We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi...
Testing SOAPdenovo2 Prerelease – IV
SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr...