有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种，如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了，而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献，里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...

1:分析流程图如下 2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下： cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq cat 1M_REA...

测一个未知基因组（de nove sequence），要进行测序、拼接及注释。关于测序仪和拼接软件已经讲的很多了，很少有关于基因组注释的文章。一篇最近在Nature Review Genetics上的...

基因组注释包括以下方面的内容： （1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。 （2） 编码基因的预测。通过将转...

在写C，C++等程序的时候我们清楚利用 // 对单行代码进行注释，利用 /*  */ 可以对多长代码进行。但是在写Perl脚本的时候，我们往往只知道利用 # 来注释单行代码（当然perl里面的第一行的...

随着蛋白质数量的增加，对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库，在nr库中，序列与序列的相似性是不均等的，当我们使用blast进行序列两两比对的时候，...

当你读取象GenBank或EMBL这样的序列注释文件时，文件提供的不仅仅是序列本身还有一些更细节的序列信息。如果这个信息拥有位置的话，就可以当作是特征。如果这个信息是很通用的信息比如说是物种名称的话，...