自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+(GS FLX+)测序系统以来,千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中,苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完...
DNA测序峰图转化成Phred格式
简介 Phred是 phred\phrap 软件包的一部分,phred\phrap 软件包由华盛顿大学分子生物技术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发,主要用于学术科研活动。...
转录组测序概述及实验分析流程
一、 转录组测序概述 转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA(转录本)的集合,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA, 非编码RNA又包括:tRNA,rRNA,snoRNA...
外显子组和目标区域深度测序常见问题及解答
1. 测序深度需要达到多少? 当测序深度为6×时,对目标区域的覆盖度可达90%,深度为20×时,reads对外显子区域的覆盖已接近饱和。此时再提高测序深度,对覆盖度的贡献极小,但是能够增加检测SNPs...
高通量测序技术相关的名词解释
高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变...
基因组拼接中常见的名词解释
Read:高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig:拼接软件基于reads之间的overlap区,拼接获得的序列称为Contig(重叠群)。 Scaffold:基因组de novo测序...
生物芯片与第二代测序技术丁香园答疑帖精选(上)
生物芯片与第二代测序技术是两种重要的高通量基因组学研究方法,在生命科学研究领域有着极其广泛的应用前景。经过近20年的发展,生物芯片技术逐渐成熟,正在向着 “高密度,灵活定制,微量样品” 的方向发展,从...
生物芯片与第二代测序技术丁香园答疑帖精选(下)
生物芯片与第二代测序技术是两种重要的高通量基因组学研究方法,在生命科学研究领域有着极其广泛的应用前景。经过近20年的发展,生物芯片技术逐渐成熟,正在向着 “高密度,灵活定制,微量样品” 的方向发展,从...
ABI测序仪
过去20年,美国应用生物系统公司(ABI)在测序方面一直占据着垄断地位。自公司的共同创始人Leroy Hood在上世纪80年代中期设计了第一台自动荧光测序仪之后,生命科学研究就摆脱了手工测序的繁琐和辛...
Illumina 测序仪介绍
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发,利用其专利核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator)”,实现自动化...