在原核生物中，mRNA 只占全部 RNA 的 1-5%，其余绝大部分是 ribosomal RNA，因此若要测序 mRNA 首先必须先将 mRNA 纯化出来，然而，原核生物并不像真核生物 mRNA 具...

目前发展成熟而被应用在许多研究的第二代测序技术中，被测序的library 大多为DNA而非RNA(测序原理请参照本部落格先前文章)，在现有的mRNA-seq技术中，需先将RNA反转录为DNA，制备出D...

研究生物基因转录体的方法有许多种，而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式，科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息： 1. 了解整个转录体构造、sp...

当我们在进行 de novo 测序时，一般而言，测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好，就如同统计学中所述，抽样的样本数越多，其分布会越接近母体之分布。 不过，是不是只要一直增加测序量就能完整组出...

GC rich的区域不易测序的原因，主要发生于以下两个阶段: 1. PCR 阶段 由于GC rich的区域，其氢键数较多，稳定性较强，因此在PCR时，GC rich的区域较不易分开，因此不容易被扩增。...

高通量测序技术发展的真是快啊，454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700～1000bp了！！通量700M，运行时间23小时。资料请看这里。虽然454的通量有点低...

SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性，在群体中的发生频率不小于1 %。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。所谓转换是指同型碱基之间的转换，如嘌呤与嘌呤( G2A) ...

目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多，如SOAP的correction、Quake等，目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...

DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记，胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要...