在原核生物中,mRNA 只占全部 RNA 的 1-5%,其余绝大部分是 ribosomal RNA,因此若要测序 mRNA 首先必须先将 mRNA 纯化出来,然而,原核生物并不像真核生物 mRNA 具...
以RNA为测序模板的新技术:FRT-seq
目前发展成熟而被应用在许多研究的第二代测序技术中,被测序的library 大多为DNA而非RNA(测序原理请参照本部落格先前文章),在现有的mRNA-seq技术中,需先将RNA反转录为DNA,制备出D...
Strand Specific mRNA sequencing 之重要性与分析
研究生物基因转录体的方法有许多种,而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式,科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息: 1. 了解整个转录体构造、sp...
测序深度越深就能組出完整的genome么?
当我们在进行 de novo 测序时,一般而言,测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好,就如同统计学中所述,抽样的样本数越多,其分布会越接近母体之分布。 不过,是不是只要一直增加测序量就能完整组出...
GC rich的区域不易测序的原因
GC rich的区域不易测序的原因,主要发生于以下两个阶段: 1. PCR 阶段 由于GC rich的区域,其氢键数较多,稳定性较强,因此在PCR时,GC rich的区域较不易分开,因此不容易被扩增。...
各种高通量测序仪比较
高通量测序技术发展的真是快啊,454最近发布的GS FLX Titanium XL+系统的测序长度已经可达700~1000bp了!!通量700M,运行时间23小时。资料请看这里。虽然454的通量有点低...
常用的SNP检测方法
SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性,在群体中的发生频率不小于1 %。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) ...
Quake的安装方法
目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多,如SOAP的correction、Quake等,目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...
转录组测序问题集锦
转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...
DNA甲基化测序问题集锦
DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记,胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要...