大家在用热图软件,例如,pheatmap绘制热图的之后,经常要面临一个问题就是: 图是画出来了,但如果想从图对应到基因,并查询对应基因的表达量就非常麻烦。因为热图聚类功能会打乱样本和基因的顺序,原来的...
使用ComplexHeatmap包绘制热图
加载所需R包 library(ComplexHeatmap) require(circlize) # 设置工作路径 setwd("/Users/Davey/Desktop/") # 清除当前环境中的变...
利用R语言heatmap.2函数进行聚类并画热图
数据聚类然后展示聚类热图是生物信息中组学数据分析的常用方法,在R语言中有很多函数可以实现,譬如heatmap,kmeans等,除此外还有一个用得比较多的就是heatmap.2。最近在网上看到一个笔记文...
EvolView画进化树+热图:组合图的绘制
上一篇《进化树+条形图:“组合图”的绘制》介绍了如何通过改变标尺来改变进化树分支长度和进化树的注释,相信大家对进化树与其他类型图表的组合有了一定的了解,局限于微信公众号的篇幅,其实还有好多东西没有讲到...
R绘图基础(10)热图 heatmap
我们在分析了差异表达数据之后,经常要生成一种直观图--热图(heatmap)。这一节就以基因芯片数据为例,示例生成高品质的热图。 比如 钢蓝渐白配色的热图 首先还是从最简单的heatmap开始。 &g...
推荐一个简单高效的图形化热图绘制工具
热图(heatmap)绘制有很多方法,最多就是R了吧,Excel,MATLAB 也很常见,各种工具琳琅满目,这里我向大家推荐一款非常简单高效的热图绘制工具,更重要的是,它完全不需要命令行!!,完全满足...