有的时候我们需要绘制许多图表类型相似的图表,比如挑选多个基因做qPCR验证转录组数据,有时也需要绘制横轴一致的图表进行相互比较。对于下图这类堆叠图表,如果一个一个画,把做标轴的scale设成一样的,然...
利用ggplot2从0开始绘制PCA图
PCA(Principal Component Analysis),即主成分分析方法,是一种使用最广泛的数据降维算法。在数据分析以及生信分析中会经常用到。 本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘...
R语言添加p-value和显著性标记
提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 #先加载包 library(ggpubr) #加载数据集Too...
R语言学习 – 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都...
R语言学习 – 线图绘制
线图 线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展...
杂志图表的经典用色
《经济学人》常用的藏青色 经济学人上的图表,基本只用这一个颜色,或加上一些深浅明暗变化,再就是左上角的小红块,成为经济学人图表的招牌样式。罗兰贝格也非常爱用这个色,有时也配合橙色使用。各类提供专业服务...
R绘图基础(1)布局
R绘图所占的区域,被分成两大部分,一是外围边距,一是绘图区域。 外围边距可使用par()函数中的oma来进行设置。比如oma=c(4,3,2,1),就是指外围边距分别为下边距:4行,左边距3行,上边距...
ggplot2入门与进阶
ggplot2包是基于Wilkinson在《Grammar of Graphics》一书中所提出的图形语法的具体实现, 这套图形语法把绘图过程归纳为data, transformation, scal...
Circos的安装和简单使用
1. Circos简介 Circos用于画基因组圈图。其帮助文档:http://www.circos.ca/documentation/tutorials/ 2. Circos的安装 Circs是pe...
利用ggplot2画出各种漂亮图片详细教程
《使用ggplot2画图》 作者:Guangchuang Yu 原文链接:http://ygc.name/2014/05/11/use-ggplot2/ 1、Why use ggplot2 ggplo...