1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果，对基因组进行 Variants cal...

1. 测序前的准备 搜集物种相关信息，比如基因组大小，杂合度， 1.1 获取基因组大小 基因组大小的获取关系到对以后组装结果的大小的正确与否判断；基因组太大（>10Gb），超出了目前denovo...

获得软件： Phrap/cross_match/swat: Phil Green, phg@u.washington.edu Phred: Brent Ewing, bge@u.washington....

美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes，能够被用...

PacBio®长读序为基因组完成带来了新变革。资深基因组装配专家开发的错误校正软件使科学家能在其短读取数据中添加长读序数据，最终将那些未完成的基因组补全。 在过去的十年，基因组装配让一些科学家渴望转向...

简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件，由 David Gordon 等人于 1998 年发布， 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis...

N50 statistic is widely used by bioinformaticians to judge the quality of their assemblies, but it i...

当我们在进行 de novo 测序时，一般而言，测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好，就如同统计学中所述，抽样的样本数越多，其分布会越接近母体之分布。 不过，是不是只要一直增加测序量就能完整组出...

基因组是如何组装的？ 答：一般来说，针对以Illumina Gemone Analyzer测序结果为主的组装策略如下： （1）先利用短序列组装软件对paired-end数据进行de novo拼接，组装...