一：下载安装该R包 clusterProfiler是业界很出名的YGC写的R包，非常通俗易懂，也很好用，可以直接根据cuffdiff等找差异的软件找出的差异基因entrez ID号直接做好富集的所有内...

一：下载安装该软件 下载安装该软件：  wget https://codeload.github.com/TransDecoder/TransDecoder/tar.gz/2.0.1 解压进入该目录，...

edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度，改进了推断的可靠性。...

利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...

一：下载安装该软件 去官网下载trinity并解压安装   http://trinityrnaseq.github.io/ 安装非常简单，一个make即可 这个软件比较大，约150M。所以安装需要一会...

1:分析流程图如下 2: 首先就是将样本的reads合并在一起命令如下： cat 1M_READS_sample/*.left.fq > reads.ALL.left.fq cat 1M_REA...

本来搞差异分析的工具和包就一大堆了，而且limma那个包已经非常完善了，我是不准备再讲这个的，正好有个同学问了一下这个包，我就随手测试了一下，顺便看看它跟limma有什么差异没有！手痒了就记录了测试流...

这是跟tophat和cufflinks套装紧密搭配使用的一个R包，能出大部分文章要求的标准化图片。 一：安装并加装该R包 安装就用source(“http://bioconductor.org/bio...

一：下载安装该软件 下载htseq这个python模块安装解压包，依赖于很多python的其它安装包及库，模块，我最讨厌python了，在有些电脑上特别难安装，而且服务器还有权限的问题。 解压进入该目...