为什么要用这个软件？：因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好，所以我们选择tophat 它做了什么？：tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因...

贝纳基因第二期生物信息培训开始报名啦！欢迎生物圈的朋友们来捧场！ 1、本次培训不收取任何费用； 2、本次培训面向全国的生命科学研究领域的老师、研究生； 3、所有讲师都有三年以上生物信息从业经验，在na...

一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...

课程特色 完全免费：本次课程不收取任何费用； 使用云计算： Linux课程中，我们首次引入云计算，教你分分钟搭建起自己的服务器； 重视实战：通过实战练习，掌握使用Linux做转录组分析； 新颖的转录组...

实验原理： 信息分析方法 trinity有该分析比对流程，下面博主就不用多说了吧，分析方法基本一致，只不过拆开了再玩的节奏~~~不过比对的时候有个问题链方向性的问题，解决方案如下： 原文来自：http...

转录组测序和数字表达谱测序相比，主要有如下不同： 第一，测序目标不同。 转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA，而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列（21 bp）； 第二，代表性不同。 数字表...

基因表达分析里面，RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情：其一是reads的饱和度分析，另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真...

今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章，关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表，说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、t...

如今人们进行转录组分析大多是在第二代测序平台上进行RNA-seq，将样品中的RNA反转录为cDNA，构建测序文库，再进行测序分析。随着RNA-seq技术的逐渐普及，自然也出现了许多RNA-seq分析工...

刘万飞 王西亮 赵宇慧 曾瀞瑶 耿佳宁 胡松年  中国科学院北京基因组研究所 摘要: 随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要。就基于第二代测序技术的...