为什么要用这个软件?:因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好,所以我们选择tophat 它做了什么?:tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因...
贝纳基因第二期免费生物信息培训开始报名啦
贝纳基因第二期生物信息培训开始报名啦!欢迎生物圈的朋友们来捧场! 1、本次培训不收取任何费用; 2、本次培训面向全国的生命科学研究领域的老师、研究生; 3、所有讲师都有三年以上生物信息从业经验,在na...
Cufllinks的安装与使用
一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 C...
Linux入门及转录组分析实战培训(免费)
课程特色 完全免费:本次课程不收取任何费用; 使用云计算: Linux课程中,我们首次引入云计算,教你分分钟搭建起自己的服务器; 重视实战:通过实战练习,掌握使用Linux做转录组分析; 新颖的转录组...
链特异性转录组原理
实验原理: 信息分析方法 trinity有该分析比对流程,下面博主就不用多说了吧,分析方法基本一致,只不过拆开了再玩的节奏~~~不过比对的时候有个问题链方向性的问题,解决方案如下: 原文来自:http...
转录组测序和数字表达谱测序有什么区别
转录组测序和数字表达谱测序相比,主要有如下不同: 第一,测序目标不同。 转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA,而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列(21 bp); 第二,代表性不同。 数字表...
转录组数据饱和度评估方法
基因表达分析里面,RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了,但是通过二代测序获得数据后,在正式分析前我们通常需要做两件事情:其一是reads的饱和度分析,另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真...
利用tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的步骤详解
今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章,关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表,说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、t...
纵观转录组研究
如今人们进行转录组分析大多是在第二代测序平台上进行RNA-seq,将样品中的RNA反转录为cDNA,构建测序文库,再进行测序分析。随着RNA-seq技术的逐渐普及,自然也出现了许多RNA-seq分析工...
基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略
刘万飞 王西亮 赵宇慧 曾瀞瑶 耿佳宁 胡松年 中国科学院北京基因组研究所 摘要: 随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要。就基于第二代测序技术的...