本来还没这么快写进化专题的，但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件，看看能否生成树，我就试用了一下phyml这个软件，挺简单的。 一、下载并安装该软件 这是一个很简单的软件，我们直接下载它的二进制程...

  下载软件 http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ 我们这里就在window平台下使用，所以直接下载zip包即可，解压即可使用 准备数据 我这...

Bootstrap，即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如...

一、方法的选择 首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Max...

今天搜了一下，在PLoB中已经有不少介绍构建进化树的文章，目前构建进化树的算法中比较常用的有ML（maximum likelihood，最大似然），MP（maximum parsimony，最大简约）...

在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 对于一个完...

1.三维分子类 RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构 RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件 CHIME：直接在浏览器中观看3D分子 MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通...

最近一个同学开发了一款很强大的进化树编辑、管理的在线服务程序，EvolView。EvolView是一个进化树可视化的软件，同时可以做各种编辑和处理，同时还支持额外增加一些数据上去，譬如把进化树和其他的...

进化树的应用越来越广，很多不同研究背景的人都非常了解进化树到底能告诉我们哪些信息。现在网上也有各种各样的文章和博客介绍如何构建进化树。PLoB中也有一些文章专门介绍如何构建进化树，例如： 1）MEGA...

MEGA 是一个非常优秀的序列比对和系统进化树构建软件，使用方便，完全免费，可从其网站下载， 最新版本是4.0。下面是用MEGA构建系统进化树的简明操作流程（具体细节请参考相关MEGA教程及使用说明）...