454测序返回的结果是sff格式的文件 #sffinfo(sff=test.sff,flow=T) #trim and bin sequences in flowgram #trim.flows(fl...

小型测序仪一般只有台式电脑大小，价格便宜、操作简单，但通量相对较小，一般用于重测序和小基因组或基因组片段的de novo测序 Nicholas Loman在Nature Biotechnology发了...

简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件，由 David Gordon 等人于 1998 年发布， 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis...

自罗氏旗下454生命科学推出测序读长达1,000 bp的454+（GS FLX+）测序系统以来，千年基因已利用该平台成功开展了大量全基因组测序项目。其中，苣苔的全基因组de novo测序组装已经初步完...

一般在基因组组装中，我们常用的拼接方法是，对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中（核...

三代测序仪现在逐步投入正式使用之中，目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长，最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp，平...

454公司可谓新一代测序技术的奠基人。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统——Genome Sequencer 20 System，被《Nature》杂志以里...

There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre...

This post is about how to start up newbler for de novo assembly projects. I will describe setting up...

The files that are the topic of this post are all tables, i.e. tab separated text files. The ‘status...