In the previous post, we discussed how de Bruijn graphs can be constructed for a genome or a large s...
Running newbler: de novo transcriptome assembly I
Since version 2.3, newbler has a -cdna option for de novo transcriptome assembly. In this post, I’ll...
无root权限用户安装ABySS方法
首先引用一下官方对ABYSS的介绍： ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for ...
Velvet and Oases For Transcriptome Assembly(基于转录组进行拼接)
首先要有Linux环境的服务器或PC，推荐最低需求： 64bit Linux System (Rethat, CentOS, Fedora), 4 core CPU processors, 2.26G...
Phrap 与Phred使用方法快速入门
本文主要介绍 phred\phrap－基因组的序列装配软件包。Phred 是 phred\phrap 软件包 的一部分，主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。phred\phrap 软件包由华盛顿大...
iAssembler: 拼接Roche-454/Sanger转录组数据的拼接软件
iAssembler利用MIRA以及CAP3软件，将454以及sanger测序产生的转录组数据(EST)拼接成基因组。 官方介绍： iAssembler is a standalone package...
SSPACE:一款专门做scaffolding的软件
在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...
基因组拼接常用软件算法介绍
最近在Plos ONE 上看到一篇比较分析基因组拼接软件的文章，该文章列举了目前主流的基因组拼接软件（Genome Assembly），以及相关的算法、使用的数据平台，等等。 下面是软件使用平台和算法...
基因组拼接中专业术语名词解释
Glossary terms in genome assembly RNA sequencing (RNA-seq). An experimental protocol that uses next-...
velvet安装方法
准备工作 下载velvet (1.105版本) wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.1.05.tgz ./ 解压： tar zxvf ...