awk默认从STDIN接受数据,打印文本到STDOUT。 awk的默认输入和输出分隔符: FS : 输入字段分隔符,默认空格。 RS : 输入行分隔符,默认\n。 OFS : 输出字段分隔符,默认空格...
用awk进行简单的编程
# 用awk进行简单的编程 # 我们之前已经做过这个了,但是为了让大家我们了解我们正在做什么,我们来再做一遍。 # 提取埃博拉基因组的编码特征、基因以及编码序列。 efetch -db nucleot...
快速计算fasta序列长度的方法
最近看了一下进入PLoB的网页来路分析,看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题,这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一:linux下用awk计算fasta...
Linux、Unix常用命令(文件和目录相关)
mkdir mkdir dirname 建立子目录. 注意:用户不能在一个不存在的目录中建立子目录。 mkdir data 在当前目录下建立子目录 data mkdir /usr/data 在/usr...
用awk和sed快速将fasta格式的序列改成一行显示
Some time when you want to change the fasta seq into one line, just as following. Then it will help ...
awk行号相关的操作
一. 行距: 1. 每行间加一个空行 [code lang="bash"] awk '1; { print "" }' filname.ext #输出当前行,在输出一个空行 awk...