按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上，或者是安装上了，但不能用，上面介绍的几种方法都试了，全不行，后面自己想了个办法，就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装，...
利用BioPerl将DNA序列翻译成蛋白序列
今天看到群里面有人讨论关于Perl和Bioperl的学习问题。所以在这里与大家分享几个关于蛋白质翻译的Bioperl代码，大家可以将下面的函数copy到自己的程序中，就可以将其作为函数调用。 代码一：...
快速计算fasta序列长度的方法
最近看了一下进入PLoB的网页来路分析，看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题，这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一：linux下用awk计算fasta...
利用Bioperl进行序列输入和输出（Bioperl HOWTO翻译13）
利用BIOPERL进行序列输入和输出 英文原文 注意：由于SyntaxHighlighter的缘故，代码有错误，可能没修改完。 目录 1 作者 2 版权 3 基础 4 十秒速览 5 背景 6 格式 ...
Bioperl入门其他部分（Bioperl HOWTO翻译12）
(译者注：Beginners HOWTO翻译到此结束，从Searching for genes in genomic DNA部分往后都是一些有关bioperl和其他程序接口：调用其他程序并分析结果。专...
Bioperl快速检索序列（Bioperl HOWTO翻译11）
索引序列文件以用于快速检索 英文原文 索引序列是Bioperl一个非常出色的功能。你可以将需要处理的本地序列文件建立一个索引然后利用这个索引提取你所需要的序列文件。这样做最重要的原因是——速度！从有索...
利用Biperl获取序列基本统计信息（Bioperl HOWTO翻译9）
获取序列基本统计信息 英文原文 除了前面讲的可通过序列对象的不同方法来获取序列文件中已有的序列信息，也可以利用bioperl获取序列的其他一些信息。例如，SeqStats对象可以获取序列的分子质量，单...
利用Biperl进行本地blast（Bioperl HOWTO翻译10）
BLAST 英文原文 （译者注：可以先参考这两篇文章：1）本地blast 2）perl脚本提取BLAST结果中的信息【以tblastn为例】 ） bioperl有很多序列分析软件的接口，这意味着可...
利用Bioperl将编码序列翻译成蛋白质（Bioperl HOWTO翻译8）
翻译 英文原文 在生物信息学中翻译的概念有两种，一是将任意核苷酸序列从头到位顺次翻译；二是将真实的编码序列，如mRNA或cDNA，翻译成相应的氨基酸序列。Bioperl都可处理。 任何alphabet...
详解Bioperl的序列对象（Bioperl HOWTO翻译7）
序列对象 英文原文 前面涉及到了很多序列对象，展示了序列对象的一些创建和使用方法。这里来详细描述序列对象的功能。 下表列出了序列对象的‘方法’（面向对象编程中的概念，见前文；表的内容就不翻译了）。‘r...