利用BIOPERL进行序列输入和输出 英文原文 注意：由于SyntaxHighlighter的缘故，代码有错误，可能没修改完。 目录 1 作者 2 版权 3 基础 4 十秒速览 5 背景 6 格式 ...
Bioperl入门其他部分（Bioperl HOWTO翻译12）
(译者注：Beginners HOWTO翻译到此结束，从Searching for genes in genomic DNA部分往后都是一些有关bioperl和其他程序接口：调用其他程序并分析结果。专...
Bioperl快速检索序列（Bioperl HOWTO翻译11）
索引序列文件以用于快速检索 英文原文 索引序列是Bioperl一个非常出色的功能。你可以将需要处理的本地序列文件建立一个索引然后利用这个索引提取你所需要的序列文件。这样做最重要的原因是——速度！从有索...
利用Biperl获取序列基本统计信息（Bioperl HOWTO翻译9）
获取序列基本统计信息 英文原文 除了前面讲的可通过序列对象的不同方法来获取序列文件中已有的序列信息，也可以利用bioperl获取序列的其他一些信息。例如，SeqStats对象可以获取序列的分子质量，单...
利用Biperl进行本地blast（Bioperl HOWTO翻译10）
BLAST 英文原文 （译者注：可以先参考这两篇文章：1）本地blast 2）perl脚本提取BLAST结果中的信息【以tblastn为例】 ） bioperl有很多序列分析软件的接口，这意味着可...
利用Bioperl将编码序列翻译成蛋白质（Bioperl HOWTO翻译8）
翻译 英文原文 在生物信息学中翻译的概念有两种，一是将任意核苷酸序列从头到位顺次翻译；二是将真实的编码序列，如mRNA或cDNA，翻译成相应的氨基酸序列。Bioperl都可处理。 任何alphabet...
详解Bioperl的序列对象（Bioperl HOWTO翻译7）
序列对象 英文原文 前面涉及到了很多序列对象，展示了序列对象的一些创建和使用方法。这里来详细描述序列对象的功能。 下表列出了序列对象的‘方法’（面向对象编程中的概念，见前文；表的内容就不翻译了）。‘r...
Bioperl从网络数据库中提取多个序列（Bioperl HOWTO翻译6）
从网络数据库中提取多个序列 英文原文 虽然有很多更复杂的方法从Genbank中提取多个序列，这里只展示一个比较“生物学”的办法，即利用Bio::DB::Query::GenBank模块。查询Genba...
Bioperl从网络数据库中提取一个序列（Bioperl HOWTO翻译5）
从网络数据库中提取一个序列 英文原文 Bioperl强大的功能之一就是可以从各种类型的资源中提取序列而不用考虑其格式，序列文件、网络数据库、本地数据库等。在此举例说明如何利用Bio::DB::Genb...
利用bioperl读取复杂序列
Genbank序列描述的内容就非常丰富（类似的还有SwissProt，EMBL等格式的序列），除了名称、描述和序列字符串以外还有序列号、形状（线状还是环状？）、发布日期、所属物种以及序列内包含的基因、...