从NCBI上下载一个fasta格式的文件,20条WRKY家族基因的蛋白序列,wrky.fasta 文件准备好了,我们想知道它的名称、描述和序列内容!有了这些信息,我们就可以做别的事情,比如判断它是DN...
bioperl初步使用
Perl语言的强项就在于文本处理(当然主要是纯文本),而恰好大多数生物信息学数据都是以纯文本的形式存放的(包括蛋白质、核酸等序列文件,序列比对文件,进化树文件等),BioPerl是为了分析、处理这些文...
Bioperl从文件中提取序列(Bioperl HOWTO翻译4)
从文件中提取序列 英文原文 新手会不太习惯使用Bio::SeqIO来处理序列文件。从某些方面可以理解,因为学过了Perl一般的处理文件方式,会对Bioperl的方式不习惯,或者认为比较复杂。但使用op...
Bioperl输出序列文件(Bioperl HOWTO翻译3)
输出序列文件 英文原文 下面将展示如何利用两个模块创建一个序列文件。上例中,已经有了一个序列对象$seq_obj,然后需要创建另一个用于读写文件的对象,SeqIO对象。IO表示Input-Output...
Bioperl创建序列对象(Bioperl HOWTO翻译2)
创建序列(序列对象) 英文原文 第一个脚本先来学习如何创建一个序列,准确的说是一个序列对象。Bioperl是“面向对象”方式的。至于为什么要用“面向对象”,Why introduce these od...
Bioperl 入门(Bioperl HOWTO翻译1)
BEGINNERS HOWTO 英文原文 原作者 Brian Osborne briano at bioteam.net 版权 原作者保留版权,基于 Perl Artistic License协议可有...