bismark  软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试， 命令如下 bismark hg19...

在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类； CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基，即A, C, T...

在bismark中提供了两种生成html报告的方式，对应两个命令 bismark2report bismark2summary 第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report 文...