1. 构建数据库的时候屏蔽参考序列的重复 segmasker 屏蔽氨基酸的低复杂序列 dustmasker 屏蔽核算序列的低复杂序列 windowmasker 按照序列重复的次数来屏蔽 convert...

写这篇文章之前，我发现其实PLoB上已经有不少文章介绍blast的使用了，读者可以点击这里查看所有blast相关的文章。今天在网上看到一篇关于BLAST使用的介绍。我认为这是目前为止介绍BLAST参数...

BLAST+与BLAST比较 BLAST已经成为序列比对软件代名词，且其词性也已经开始变化，诸如BLASTing之类的词汇在各种论文中已是屡见不鲜，可见其影响之深，使用之广，如同分子生物学领域中的PC...

生物信息学教程系列 第三章 3 序列比对和数据库搜索 比较是科学研究中最常见的方法，通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的特性。在生物信息学研究中，比对是最常用和最经典的研究手段。 最常见的比对是...

1.Orthomcl是用来干嘛的？ 我们都知道，我们在注释完一些基因组后，会拿到大量的蛋白，而这些蛋白，孤零零的放在那，你不觉得别扭吗？除了常规的pfam、interpro做完了，再做点什么呢？聚个类...

之前一直在用NCBI新的blast+，速度不错。但是blast的线程是内存空享的，即只能单节点运算。手头能使用的计算资源只能达到单节点16 threads。动辄上万条的对比实在是太慢了。遂萌生用mpi...

常见问题 1．运行formatdb时报下列错误： [formatdb] ERROR: 1.seq.nhrOutput Blast-def-line-set.E.<title> Invali...

BLAST+与BLAST相比，有很多改进和提高，NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+， 这里说的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下载地址：NCBI BLAST+ (ftp:...

第一步：利用BLAST作比对 下载NCBI的nr数据库 NCBI的nr数据库一般可以从ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ 下载，里面nr库有两种格式，一种是原始的nr蛋白...

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLA...